Օնտոգենեզը սեռական ճանապարհով բազմացող օրգանիզմների անհատական զարգացումն է, որը սկսվում է զիգոտի առաջացումից և տևում մինչև օրգանիզմի վախճանը։ Այն բաժանվում է սաղմնային և հետսաղմնային շրջանների։ Սաղմնային փուլը ընդգրկում է զիգոտի ձևավորումից մինչև ծնունդը կամ ձվից դուրս գալը, իսկ հետսաղմնայինը սկսվում է ծննդից կամ ձվից դուրս գալուց մինչև օրգանիզմի վախճանը։ Սաղմնային շրջանը բաժանվում է երեք փուլերի՝ տրոհում, գաստրուլյացիա և առաջնային օրգանոգենեզ։
Կենդանիների տարբեր տեսակների և նույն տեսակի տարբեր դասերի համար այդ փուլերի ընթացքը կարող է տարբերվել։ Տրոհման ընթացքում զիգոտը բաժանվում է փոքր բջիջների՝ բլաստոմերների, որոնք շարունակում են բազմանալ և փոքրանալ։ Այս բջիջների տարածումից կենտրոնում ձևավորվում է խոռոչ, և սաղմը ստանում է պղպջակաձև կառուցվածք, որը կոչվում է բլաստուլա։
Գաստրուլյացիայի փուլում բջիջները տեղաշարժվում են, և սկսվում է դիֆերենցիացիան՝ բջիջների ու մասերի ֆունկցիոնալ տարբերացման գործընթացը։ Այս փուլում ձևավորվում են սաղմնային երեք թերթիկներ՝ էկտոդերմ, էնտոդերմ և մեզոդերմ։ Էկտոդերմից զարգանում է մաշկը, նյարդային համակարգը, զգայարանները, էնտոդերմից՝ մարսողական գեղձերը և աղիները, իսկ մեզոդերմից՝ մկանները, ոսկրերը, սեռական գեղձերը, երիկամները և արյունատար համակարգը։ Սաղմնային զարգացումը ապահովում է բոլոր օրգանների և հյուսվածքների փոխազդեցությունը։
Հետսաղմնային զարգացումը լինում է ուղիղ և անուղղակի։ Ուղիղ զարգացման դեպքում ձվից դուրս է գալիս փոքր չափերով, բայց հասուն օրգաններին համապատասխան բոլոր օրգաններն ունեցող օրգանիզմ, որը հետագայում աճում և հասունանում է (սողուններ, թռչուններ, կաթնասուններ)։ Անուղղակի դեպքում ձվից դուրս է գալիս թրթուր՝ պարզ կառուցվածքով, որը հետագայում անցնում է ձևափոխության՝ հասուն ձևի հասնելու համար։ Այս գործընթացը կոչվում է թերի կամ լրիվ կերպարանափոխություն, և այն կարևոր է, քանի որ թույլ է տալիս թրթուրներին և հասուն ձևերին ապրել տարբեր միջավայրերում, նվազեցնելով տեսակների միջև գոյության կռիվը։